全自動洗瓶機的清潔是一項經常性的工作，這一工作在安裝、維修、消毒或滅菌后都要進行。它既是預防、減少與消除污染的重要舉措，也是設備保養的內容之一，有利于設備使用效率的提高與壽命的延長。 全自動洗瓶機情節使用應遵循以下原則：
1、制定相應的設備清潔規程，其主要依據是：設備的類型與結構、用途、所加工產品的理化性能、生產工藝要求、使用地點的潔凈級別與要求清潔的內容和方式。
2、全自動洗瓶機的清潔內容一般為清潔、消毒、干燥、滅菌等，它的方式通常可分為就地清潔、移動清潔和混合清潔。
3、全自動洗瓶機清潔規程特別要明確清潔方法、清潔周期、清潔后的檢查與驗證方法、清潔記錄與保存的要求、無菌設備的滅菌要求與滅菌后使用的間隔天數、設備清潔的負責人與實施人等。
4、對清潔設備、容器、工具、區域應有明確的要求，從材料、使用到其自身的清潔、干燥、存放等。
全自動洗瓶機是利用超聲波在水中振蕩產生的“空化效應”進行清洗的機器。它可以是獨立的，也可以是整個清洗消毒機中的一部分。
全自動洗瓶機的工作原理是：超聲波發生器發出的高頻振蕩電訊號，通過超聲波換能器轉換成機械振蕩信號，傳播到清洗液中去，在清洗液中產生“空化”效應，形成微激波，不斷地沖擊被清洗物品的表面，使附著在物體一表面及縫隙中的污垢松動剝落，對手工清洗難以接觸的管腔部分特別有效。配以溫水及清潔劑的使用，可更好地達到清洗的目的。
全自動洗瓶機使用注意事項：
1、禁止在無水的情況下操作清洗器。
2、使用以水為主的清洗液，禁止使用酒精、汽油或其它可燃性清潔劑，防止火災和爆炸。
3、作用過程中水溫不宜超過70℃.
4、禁止將清洗物品直接放置于超聲清洗器底部，應采用托盤存放。
5、在加熱和超聲時，應避免超聲清洗器內水量過少而損壞機器。
